Наткнулся на интересный форк Nestopia: http://0ldsk00l.ca/nestopia.html
Судя по всему, за разработку этот товарищ взялся серьёзно. Причём поддерживает сразу же и версию под Linux. Также там поддерживается порт Nestopia под libretro (для RetroArch).

Изменения на 90% косметические: фильтры, пропорции по мелочи.
Индиану Джонса и несколько мапперов все таки пофиксили. Но в ядре почти ничего не поменялось.
Главный баг со звуком всё там же, как и баг с денди: https://github.com/rdanbrook/nestopia/issues/46
И есть подозрение, что баг с заикающимся звуком - это проблема ядра, а не directx/win32. На линуксе тоже проявляется.

За линукс порт спасибо. puNES и FCEUX откровенно радуют.

Может быть автор в итоге пофиксит этот баг. Много там изменений между 1.37 и 1.38? Как я понимаю, баг проявился именно в 1.38? Можно было бы просто взять из репозитория последнюю рабочую версию, затем по одному накатывать коммиты, каждый раз запуская полную пересборку проекта, и тестируя на предмет этого бага. Так можно было бы выявить конкретный коммит, из-за которого появился баг.

Баг со звуком появился с версии 1.37:

На 1.36 и ниже все нормально.

Баг денди-режима появился с версии 1.38:

На 1.37 и ниже все нормально.

Нда, посмотрел я diff между версиями 1.36 и 1.37. Это просто капец, сколько там всего поменялось. Автор занимался крутейшим рефакторингом, судя по всему. Надеюсь, автор Nestopia UE не забросит начатое, хорошо изучит ядро Nestopia и исправит ошибки
Как жаль, что автор оригинальной Nestopia вот так вот внезапно пропал после выпуска версии 1.40...

Рефакторинг был крутой, это да.
Во-первых, начиная с версии 1.37, код с указанием делителей MCLK и таймингов PPU
лежит в NstBase.hpp. Раньше все это хозяйство находилось в NstCpu.hpp и NstPpu.hpp соответственно.

Но и это еще не всё. Есть еще один "прикол", который я не могу объяснить.
Вот, как думаете, почему у меня в подписи два билда нестопии с режимом денди, 1.36 и 1.37?
Потому что по непоняным пока причинам, NSF плеер в денди-режиме работает корректно только на 1.37 и выше.
Но вот засада, у 1.37+ имеются косяки с заиканиями звука.

Подробнее про проблемы с NSF:
Есть в NstApu.cpp так называемые таблицы для Noise и DPCM - разные для PAL и NTSC режимов.
Чтобы получить нужную высоту тона DPCM в "самодельном" денди-режиме, нужно таблицу PAL заменить на NTSC.
В таком случае и в играх, и в NSF-режиме высота звука DPCM будет корректной. Но, почему-то опять только с 1.37.
При замене таблиц в 1.36 NSF-пллер не меняет высоту тона.
Я думал, что эти таблицы продублированы отдельно для NSF-плеера где-нибудь в другом месте кода, однако не нашел.

Более того, уже начиная с 1.38 (который не имеет проблем NSF-плеера) начинаются другие глюки с денди,
предположительно из-за:

В сухом остатке получается, что идеальный и беспроблемный "денди-режим+денди-NSF-плеер" можно с лёгкостью получить только на 1.37, не куря тонны кода.
С другой стороны версия 1.36 со звуком не хрустит. Денди-режим там тоже хороший, но с NSF проблемы.

В общем, это засада. Я сделал все, что умел, а потом забил.

PS: Я случайно отыскал на ютубе Андреаса, брата Мартина.
Он сказал, что Мартин забросил нестопию насовсем и больше к ней не вернется.

EvGS, можешь выложить сэмплы для тестов с http://forums.nesdev.com/viewtopic.php?p=113035#p113035 на другой файлообменник? - тот уже не работает

Те записи утеряны. Записал новые. В силиусе щелчок особенно отчётлив, на рокмене 6 практически не слышен, но он есть.
Повторюсь, проблема не в выводе звука windows или драйверах.
Я компилировал 1.40 под убунту 10.04 и отчетливо слышал те же самые щелчки практически в тех же местах. И всё это на разных машинах.
Иногда софт-ресет эмулятора помогал от них избавиться, иногда нет.
На версии 1.36 и ранее проблема не наблюдалась.

Проблему щелчков на версиях Nestopia выше 1.36 подтверждаю. Еще есть баг с аудио на всех версиях Nestopia - если уменьшить громкость master-канала (или других), то тоже появляются паразитные тихие пощелкивания (конкретно замечал в Battle Toads & Double Dragon)

Решил сменить эмулятор. Потестил кучу всего, больше всего понравился puNES. Но заметил в нем небольшое запаздывание звука. У кого-то наблюдалась подобная проблема?

Да, наблюдалась:
http://forums.nesdev.com/viewtopic.php?p=108386#p108386
http://forums.nesdev.com/viewtopic.php?p=119167#p119167

Не знаю, может поможет последняя бета. Настройки не сохраняются.
У меня лично 1340 похрипывает при операциях с GUI, 1333 - нет.
В 1340 есть VSYNC

В версии puNES 0.70 переписан звуковой движок - соответственно, исправлена проблема со звуковыми лагами

Жалко всё-таки, что Martin Freij забросил свой проект. Портировал бы свой эмулятор на Android, сделал бы коммерческую версию, был бы денежный мотиватор заниматься любимым делом.