А сложно настроить yy-chr или другой редактор, чтобы тайлы в игре Prince of Persia собрались вместе?

Это надо переделывать утилиту и добавлять туда таблицу remap.

Либо написать программу, которая делает remap CHR. То есть вначале делаем remap под нужды редактирования, потом редактируем, потом делаем обратный remap в исходный CHR.

короче перевожу на русский язык с огрского: "нельзя"

А на скриншоте вручную собирали спрайт? А палитру сложно сменить?

Палитра зашита в ROM в виде таблиц. Обычно при выборе страницы CHR-ROM (если их несколько) - сразу меняется палитра для заднего фона (16 байт) и спрайтов (16 байт).
Если CHR-ROM один (простые игры), то при смене "экранов" игры обычно меняется палитра для набора тайлов, которые отображаются на этом "экране"

Например в BOMBERMAN на заставке для тайлов титульной надписи используется одна палитра, а в самой игре - уже другая.
Чтобы поменять палитру надо найти адрес, где она записана в игровой ROM.

CHR-ROM лучше вообще рисовать в монохромном режиме (2 оттенка серого, белый и черный).