Вот как раз через отладчик его на паузу и ставить нужно. Но в этой версии при включении отладчика у меня эмулятор повисает. Включить его можно в настройках виртуальной машины. Самый нижний пункт в списке.
-- 29 апр 2013, 10:16 --
Всё, разобрался. Эмулятор не виснет, а просто останавливается, но окно отладчика при этом на передний план не выводит. Нужно самому по окошку щёлкать.
Чтобы остановить игру, нажимай alt+d, b. Чтобы продолжить - g и Enter в окне отладчика.
-- 29 апр 2013, 10:28 --
Чтобы разобраться с меню, скачай XM6 2.06:
http://emu-russia.net/ru/files/emus/x68k/XM6i основан на этой версии, а в ней меню на английском.